Allinizio del XII secolo, la diffusione dellOrdine canonicale raggiunse il suo apogeo. La ripartizione delle differenti federazioni fu comunque abbastanza ineguale.
Con circa duemilacinquecento case in tutta lEuropa e il Medio Oriente esso superò, in alcune regioni, gli stessi Cistercensi per numero di comunità.
Ma a partire dal XIII secolo avvenne una cosa veramente singolare: le fondazioni canonicali, dopo lo sviluppo esponenziale dei due secoli precedenti, divennero sempre più rare e gradualmente i canonici scomparvero soppiantati dai nuovi ordini mendicanti.
Francescani, domenicani, agostiniani, carmelitani, serviti, votati allapostolato, e molto vicini ad un occidente in completa trasformazione economica, sociale e culturale sostituirono i canonici.
Potremmo dire che il movimento apostolico, dallideale contemplativo benedettino, aveva spostato lattenzione sulla vita attiva e ne era nata lesperienza dei canonici regolari, unesperienza di vita mista, attiva e contemplativa. Ma lesperienza dei canonici fu di transizione e di preparazione perché il movimento apostolico potesse poi sfociare nei nuovi ordini mendicanti molto meno contemplativi, nel senso classico del termine, e più dediti allapostolato e alla vita attiva.
I frati predicatori, adottarono la regola agostiniana e i costumi canonicali e si allontanarono così da questo ceppo per divenire, con i Francescani, i precursori di un nuovo modello di vita religiosa. Restarono tuttavia fedeli alla grande istituzione cristiana della via canonicale, quella del verbum et exemplum, cioé della testimonianza con la parola e lesempio.
Il declino dellOrdine canonicale si accentuò durante il grande scisma doccidente consumatosi fra il 1378 e il 1418. La sua storia seguì poi quella dellOrdine monastico e dei mendicanti con i medesimi problemi: peste nera, guerra dei centanni, riforma, commende.
Gli slanci riformatori non mancarono neppure per i canonici regolari. Gérard de Groote (1384), fondò nei Paesi Bassi i frati della vita comune, che incarnarono a lungo lélite intellettuale e spirituale dellOccidente e da cui emergeranno personaggi eminenti come Didier Erasme.
Tre anni dopo la morte del de Groote, uno dei suoi discepoli fu allorigine della congregazione di Windesheim, con esponenti illustri, sostenitori della devotio moderna, come Jean Ruysbroeck e Tommaso da Kempis, cui è attribuita tradizionalmente lImitazione di Cristo.
Passate dalle Fiandre alla Spagna, le intuizioni spirituali di questo movimento, legando armoniosamente immaginazione, intelligenza e volontà in una fede cristocentrica solida, furono raccolte da Ignazio di Loyola e dalla Compagnia di Gesù che si diffonde in tutta la Chiesa.
Il XVII secolo fu il periodo del grande rinnovamento. Charles Faure, canonico di Senlis, riformò Santa Genoveffa di Parigi, divenuto il centro della congregazione di Francia. Il beato Alain di Solminihac restaurò Chancelade nel Périgord e le sue case dipendenti.
San Pietro Fourier, canonico di Chamouzey, fondò nel 1623 la congregazione del Salvatore in Lorena dopo aver istituito le canonichesse di SantAgostino della congregazione di Nostra Signora per listruzione dei bambini poveri.
I Premonstratensi trovarono anchessi un riformatore nella persona di Jervais de Lairuels, professo di San Paolo di Verdun, iniziatore della riforma dellantico rigore.
La rivoluzione francese frenò questo slancio sopprimendo tutti i monasteri doltralpe e una buona parte di quelli dellEuropa occidentale.
I Premonstratensi risollevarono le sorti del loro Ordine solo nel 1830, nel Belgio separato dallOlanda, e si ristabilirono definitivamente in Francia solo dal 1859. La Congregazione del Laterano, risorgerà dopo il 1814. Quanto al Gran San Bernardo, superò le tempeste rivoluzionarie grazie alla protezione di Napoleone.
Nel 1866, don Gréa fondò la Congregazione dei canonici regolari dellImmacolata Concezione a Saint Claude nel Giura.
Infine, nel 1958, Giovanni XXIII approvò la Confederazione dei canonici regolari di SantAgostino, organizzata sul modello della federazione benedettina istituita da Leone XIII. Questa confederazione raggruppa i canonici del Laterano, quelli dellAustria, il Gran San Bernardo, San Maurice dAugane, lImmacolata Concezione e i canonici regolari di Maria Madre del Redentore, ultimi nati nella storia canonicale, in Mayenne.
Ogni istituto conserva i suoi statuti particolari e il suo abate generale, ma la confederazione è governata da un abate-primate eletto per sei anni.