In epoca Gregoriana si apre unaspra polemica fra i sostenitori della vita comune e della povertà e gli oppositori. In questo dibattito, nutrito di saporiti pamphlets, i canonici regolari denunciano la vita, facile e immischiata negli affari dei canonici secolari, che, da parte loro, non mancano di fustigare ciò che per loro era unarbitraria innovazione contraria ai costumi.
Ognuno si accampa sulle proprie posizioni e si assiste, da allora, ad una frattura irrimediabile dellordo canonicus in due branche distinte: i canonici regolari e i canonici secolari.
Questi ultimi, lontani dallessere di secondOrdine, ebbero un ruolo e una vitalità molto importanti nella vita delle diocesi dellAncien Régime. Fino al 1789 la Francia conterà circa 700 capitoli secolari.
Nel nord dellEuropa i vescovi sono più attaccati alle strutture carolingie e lentusiasmo si diffonde meno rapidamente. Le cattedrali e le collegiate del nord resteranno secolari. Poco a poco la simonia e il matrimonio dei preti spariranno e, se la vita comunitaria non riprese, i canonici continueranno comunque la loro vita liturgica, la loro attività dinsegnamento nelle scuole cattedrali e le loro opere di beneficienza: quasi tutti gli ospedali delle città furono amministrati da capitoli.
Ciò non impedì ai canonici regolari di diffondersi anche nelle regioni del Nord. Per le nuove comunità di canonici regolari vengono edificate molte Chiese nuove, sia urbane che rurali. Ma queste nuove fondazioni apparvero più come nuovi ordini religiosi che come riforma generale di tutto il clero. Questo falserà un po le prospettive e porterà a vedere nellordo canonicus, allo stesso tempo, un concorrente ed un alleato dellOrdine monastico. Dopo aver vissuto una fase di regolarità, i capitoli delle cattedrali e collegiate del sud si allinearono ai colleghi del Nord e, poco a poco, si ri-secolarizzarono.
Lorigine delle case riformate è diverso e può essere fruttuoso tracciarne una tipologia.
Alcuni capitoli di cattedrali e collegiate, principalmente meridionali, abbiamo ricordato Lucca e Firenze, optano per la riforma. Laddove una grossa parte di canonici rifiutava il cambiamento, viene messa in atto una scissione più o meno amichevole, dando vita a un nuovo collegio capitolare. Avviene così anche per San Rufo dAvignone, San Denis di Reims o San Quintino di Beauvais.
Sullesempio di queste prime comunità canonicali riformate si sviluppano, qualche anno dopo, anche le prime comunità di origine eremitica, caratterizzate da una vita dausterità in solitudine. Le aspirazioni solitarie hanno avuto diversi partigiani tra i canonici come Bruno di Colonia o Vitale di Savigny.
Due elementi si ritrovano in tutte le fondazioni eremitiche: la povertà assoluta, col rifiuto di ogni forma di possesso, e la supremazia del lavoro manuale. Numerosi eremitaggi fondati dai canonici videro la nascita nel XI e XII secolo. A queste comunità affluirono rapidamente molti seguaci e si rese necessario organizzare la vita quotidiana e dotarsi di una regola. È questa lorigine di molte fondazioni canonicali regolari: Aureil (1074), Chamouzey (1080), Arrouaise (1090), Rolduc (1104), San Vittorio (1113), Prémontré (1121) e Chancelade (1128).
Accanto a queste case fondate da chierici, esistevano comunità dorigine laica o dospitalità. I laici conducevano una vita di penitenza, di pellegrinaggio o solitaria attirando a sé molti discepoli. Per forza di cose, furono costretti a fondare sia monasteri che capitoli. Alcuni scelsero di rendersi utili e si installarono nel cuore della foresta al passaggio di un fiume o in una vallata, offrendo i loro servizi ai viaggiatori, prolungando così la grande tradizione canonicale dellospitalità e delle opere di misericordia già presenti nella regola di Crodegango di Metz. Il nucleo iniziale è dunque costituito da laici, ma rapidamente, i chierici si uniscono a loro e organizzano la vita comune. Il più celebre di questi ospizi è quello del Gran San Bernardo, ma possiamo aggiungere anche Aubrac in Rouergue e Saint-Jean de Falaise in Normandia. La vocazione allospitalià dei canonici regolari è fortemente attestata. Essi sono anche allorigine dellorganizzazione, accanto ai monaci cluniacensi, del percorso per San Giacomo di Compostella: attraverso i capitoli regolari di Tolosa, Comminges, Lescar, Roncisvalle e Somport.
Ogni nuovo capitolo poteva conservare la sua autonomia mettendosi sotto lautorità episcopale. Altri capitoli imitano i monaci, che, seguendo Cluny, avevano federato le loro abbazie. Nasce qui la nozione giuridica di Ordine religioso, sconosciuta fino a quel momento, nella Chiesa. Una unione solidamente organizzata presenta evidentemente il vantaggio di costumi stabili, di visite canoniche regolari per mantenere lo slancio originale, e di un governo centralizzato, interlocutore di peso presso la curia romana ed il potere politico. Lorganizzazione di queste federazioni ricalca molto spesso la carta charitatis cistercense.
Un altro elemento caratteristico e innovatore delle fondazioni regolari è laccoglienza dei laici, uomini, donne e bambini, figli del movimento apostolico. Folle considerevoli seguono i predicatori itineranti, formando comunità mosse dal desiderio ardente dimitare i primi cristiani. Questi laici si offrono alle abbazie o ai capitoli per condurre una vita di preghiera, radunati attorno ai monaci o ai canonici, come la comunità di Gerusalemme intorno agli apostoli. Nel mondo canonicale Rolduc, Arrouaise e Prémontré vedono affluire verso di esse un gran numero di laici: piccoli gruppi di persone di umile estrazione ma anche membri di grandi famiglie feudali. Le numerose vocazioni maschili e femminili portano alla creazione di monasteri doppi, ancora oggi quasi sconosciuti.
Ma questo movimento entusiastico non è di lunga durata; molte sono le critiche indirizzate a queste comunità di uomini e di donne, soprattutto da parte dei cistercensi. Dopo qualche decennio, nel 1150, il Capitolo Generale di Prémontré decide di allontanare i conventi femminili dalle abbazie maschili. Questa decisione viene imitato dai fratelli di Arrouaise e Rolduc.